Dune Messiah mengisahkan Paul Atreides (Timothée Chalamet) yang kini menjadi kaisar alam semesta. Dalam kedudukan barunya, ia berjuang menjaga perdamaian sekaligus menghadapi konspirasi untuk menghancurkan dirinya dan kekuasaanya.
Chani (Zendaya) juga berada di ujung dari cinta segitiga yang rumit antara dirinya, Paul, dan istri Paul, Putri Irulan (Florence Pugh), putri dari Kaisar Shaddam IV yang telah digulingkan.